En genial studerende finder i 1960'erne afgørende bevis for den nye og revolutionerende teori om kontinenternes drift. Men det geologiske miljø er ikke klar til teorien og støder hende fra sig, og hun tager sit liv.
Hvorfor forsvandt hun i stedet for at blive berømt? Hvad var det, hun opdagede i moleret på Fur, og hvad var der i den kasse, hun efterlod sig? Hvorfor sejlede hendes søn tyve år senere ud af havnen for aldrig at vise sig igen, og hvorfor tager hendes søster mange år senere kontakt til det eneste menneske, der har en chance for at rede trådene ud?
Byen og havet er en roman om relationer og sammenhænge på tværs af årtier og om den geologiske videnskabs store erkendelser.