Obra capital de la historiografía mexicana, la Historia antigua de México representa el mejor resumen del pasado indiano y ejerció una influencia enorme en los escritores posteriores; fue, en su época, la historia del México antiguo más conocida en el exterior.
En "Carácter y costumbres de los mexicanos" el método y la probada imparcialidad de Clavigero lo llevan a afirmar acerca de los otros historiadores y de sí mismo: "La pasión y los prejuicios en unos autores y falta de conocimiento o de reflexión en otros, les han hecho emplear diversos colores de los que deberían. lo que yo diré va fundando sobre un serio y prolijo estudio de su historia, y sobre el íntimo trato de los mexicanos por muchos años. Por otra parte, no reconozco en mí cosa alguna que pueda preocuparme en favor o en contra de ellos, ni la razón compatriota inclina mi discernimiento en su favor, ni el amor de mi nación o el celo del honor de mis nacionalidades y me empeña a condenarlos; y así diré franca y sinceramente lo bueno y lo malo que en ellos he reconocido".