Kate, Michael og Emma er opsatte på at fortsætte jagten på deres forsvundne forældre, men er selv i overhængende fare. Derfor sender troldmanden Stanislaus Pym dem tilbage til Edgar Allan Poe-anstalten for håbløst uforbederlige børn, hvor han mener, de er i sikkerhed. Der tager han grueligt fejl …

Inden længe bliver børnene opstøvet af deres fjender, og efter et nervepirrende angreb bliver Kate adskilt fra sine søskende og sendt over hundrede år tilbage i tiden, hvor hun møder en gådefuld dreng, hvis skæbne viser sig at være uløseligt forbundet med hendes egen.

Michael og Emma må drage helt til verdens ende i håb om at finde Livets bog, inden de har mistet Kate for altid. Men de har en hær af uhyrer lige i hælene, og intet er, hvad det ser ud til at være …

"Den rubinrøde krønike" er anden del af trilogien "Bøger fra Begyndelsen".