En mørk nat i år 1901 lægger et skib til på den lille, idylliske ø Mingheria mellem Kreta og Cypern. To personer går i land: kemikeren Bonkowski og hans assistent, doktor Ilias. De er sendt dertil af sultanen for det osmanniske rige for at stoppe et pestudbrud, men da de bliver taget imod af øens guvernør, Sami pasa, får de at vide, at der under ingen omstændigheder er sygdom på hans ø. Det går hurtigt op for dem, at de er sendt på en mission, der bliver både sværere og farligere at udføre, end de først troede.

Som sygdommen spreder sig på øen, gør også konflikterne, og spændingerne mellem øens kristne og muslimske befolkningsgrupper tager til og tegner skarpe linjer mellem dem, der støtter karantænen, og dem, der benægter selve sygdommens eksistens. Snart vil verdens øjne vende sig mod denne smukke ø, hvor fremtiden for det allerede vaklende osmanniske imperium står på spil.

Pestnætter er en vildtvoksende fortælling om lidenskab, frygt, magt og national identitet fra en af vor tids største historiefortællere. Det er en roman om en pandemis hærgen og dens fatale konsekvenser for både menneskeskæbner og magtbalancen mellem verdens kontinenter.