Année 2099. Le combat mené par Axel et ses compagnons C.421, Takumi et le traceur, face à la Matrice du Jeu s’avère compromis par l’arrivée d’une exterminatrice. Pion loyal du Régent, l’énigmatique Veuve Noire s’acharnera à « effacer » l’Élu intronisé par la Confrérie, la Fraternité des Gueux.
De l’existence de ces deux univers, où se mêlent réel et virtuel, émergera une troisième dimension dont la Matrice modulera les règles du Jeu pour le compte de « ILS ».