Korfu, 1944: Femårige Matilde og Anne på tre er lykkeligt uvidende om, at de har kysset deres mor farvel for sidste gang. Nazisterne har indtaget deres idylliske hjem og de føres i sikkerhed på klippeøens nordøstlige spids, hvor den godhjertede Agata og hendes mand vil holde dem skjult, indtil den grufulde krig er ovre.

Korfu, 2006: Under den bagende junisol ankommer Amber og hendes mand til Korfu i håb om en frisk start. Amber hun fascineres af den lokale fortælling om to små piger, der blev efterladt af deres egne forældre og skjult af venlige sjæle. Men der er nogen, der helst vil undgå, at Amber graver sig dybere ned i historien. Kan Amber afsløre den hjerteskærende sandhed om, hvad der skete, da en tysk soldat tog en svømmetur i bugten foran børnenes skjulested?

Øen i flammer er en hjerteskærende fortælling om skyggesiderne af det solbeskinnede Korfu og overlevelse mod alle odds.