Este segundo tomo se ocupa del Gobierno acéfalo, sus inicios en 1554, hasta el año 1580 y la aparición de Francis Drake.
La idea de escribir una historia general del país se gestó tempranamente en Diego Barros Arana. Ya en su introducción a Vida y viajes de Magallanes publicada en 1864, había confesado que llevaba muchos años trabajando en una obra general. El autor sintió la necesidad de contar la historia de Chile, debido a las deficiencias de la historiografía disponible en su época. Barros consideraba que la historia chilena estaba por construirse en casi todos sus períodos y temas, y que la ausencia de narraciones no estaba determinada por la falta de materiales, sino por la falta de interés para emprender un trabajo extenso, complejo y crítico.
En palabras del propio autor:
«Este trabajo incesante, que podría parecer en exceso monótono y abrumador, ha sido para mí el más grato de los pasatiempos, el alivio de grandes pesares, y casi podría decir el descanso de muchas y muy penosas fatiga.»
El texto esta organizado en 16 tomos que abordaban grandes épocas: Los Indígenas; Descubrimiento y Conquista; Afianzamiento de la Independencia y Organización de la República. Se trataba de practicar una investigación histórica bien distinta a como la habían efectuado ciertos cronistas hasta el momento. En la presentación de la obra, Barros Arana explica que asumió el método narrativo para escribir su obra, siguiendo la recomendación de Andrés Bello. Los hechos están ordenados e investigados con prolijidad y claridad, anotándose con precisión su filiación y contenido. Esta exposición ordenada y cronológica era garantía para esclarecer los hechos de una forma objetiva y rigurosa.
