Det er festuge på Uppsala Universitet, men alle bliver forfærdede, da to kvindelige studerende bliver voldtaget. Kort efter opdager politiet et tredje offer. Endnu en voldtaget kvinde, der denne gang er blevet slået ihjel og udstillet i universitetets anatomiske teater. Uroen breder sig, og politiet frygter, at dette blot er begyndelsen.

Psykiater og profiler Nathalie Svensson bliver tilkaldt for at hjælpe med efterforskningen sammen med kriminalinspektør Johan Axberg. De har netop afsluttet en anden sag sammen, og på trods af de makabre omstændigheder glæder Johan sig til at se Nathalie igen.

En tidligere dømt voldtægtsmand bliver hurtigt hovedmistænkt. Han har intet alibi, men Nathalies intuition fortæller hende, at sagen er mere kompliceret end som så. I jagten på en alternativ forklaring kommer hun på sporet af et hemmeligt samfund, der har et stort had til kvinder.

Midnatspiger er tredje bind om psykiater og profi ler Nathalie Svensson og kriminalinspektør Johan Axberg.