Jonathans mamma är måttligt förtjust när hennes man Lars föreslår att de ska bo en vecka på vandrarhemmet på Stora Karlsö. Lars, har tidigare arbetat på Stora Karlsö som guide och vill gärna visa sin familj den unika naturen och fågellivet.

När de första dagen går på upptäcktsfärd bland klipporna hör de plötsligt ett metalliskt knackande. Lars lägger ett finger över läpparna, och de trycker sig mot klipporna för att inte synas. När de försiktigt tittar fram mot varifrån ljudet kom, ser de en man som håller på med något. Efter en stund kliver Lars resolut fram och klampar lite extra för att mannen ska höra dem. Mannen försvinner snabbt ifrån platsen och Lars och Jonathan tycker båda att det känns lite mysko.

Morgonen efter vaknar Jonathan tidigt och får ett infall att han ska gå och kolla om han kan se vad mannen sysslade med. Väl på plats upptäcker han att sten lossnat från bergsväggen. Kan det ha något med gårdagens knackande att göra?

Fler mystiska händelser inträffar och Jonathan, hans kompis Viggo och Lars försöker reda ut det hela.

Fossilligan är den första boken av tre om Jonathan. Till största delen utspelar sig berättelsen på Stora Karlsö men den spännande upplösningen äger rum på södra Gotland. Ålder 9-15 år.