Captain Chakotay und seine Schwester Sekaya werden unter der Oberfläche von Loran II von einem Wechselbalg gefangen gehalten, einem verstoßenen Gründer, der sich zuvor in Chakotays Mannschaft versteckte. Zu Chakotays Entsetzen übergibt der Wechselbalg die beiden an den berüchtigten cardassianischen Wissenschaftler Crell Moset. Der plant, Chakotays von den Geistern des Himmels verbesserte DNA zu nutzen, um aus Gier nach Ruhm und Anerkennung eine überlegene Rasse zu erschaffen.
Der Wechselbalg überlässt Chakotay und Sekaya ihrem Schicksal, infiltriert als Chakotay das Raumschiff Voyager und gefährdet so die gesamte Besatzung. Dr. Jarem Kaz und Lieutenant Harry Kim ist das seltsame Verhalten ihres Captains zunehmend suspekt und sie ersuchen Admiral Janeway und Lieutenant Commander Tom Paris um Hilfe.