Die Menschheit wird von einer Pandemie befallen. Ein geringer Teil der Menschen kann in einem Höhlensystem Zuflucht finden. Wer darin nicht schnell genug einen Platz findet, muss sterben. Um sich vor den tödlichen Viren zu schützen, schotten sich die Höhlenbewohner von der Außenwelt ab und bauen sich eine riesige unterirdische Stadt auf.
Nach über 50 Jahren leben die Menschen bereits in der dritten Generation in den Höhlen. Nach einem Erdbeben entdecken Ian und Jessica, die Kinder von Emily und Oliver Mooth, in ihrer Kindernische unter einem Bett ein Loch in der Wand. Dahinter befindet sich ein Tunnel, der in die Außenwelt führt. Die Kinder wagen einen Ausflug in die Natur.
Die Eltern bemerken das und Emily folgt den Kindern. Als seine Familie wider Erwarten nicht krank wird und stirbt, versucht Oliver Mooth die Gründe dafür zu erfahren und entdeckt, dass die Höhlenbewohner Sklaven ihrer Regierung sind. Gemeinsam mit seinen Freunden organisiert er einen Aufstand zur Befreiung und erhält überraschend Hilfe von Menschen, die in einem Wald Schutz vor der Pandemie gefunden hatten.
Doch dann werden die Rebellen verraten. Der Aufstand ist in Gefahr.