Neljä kaverusta kohtaa kaamean näyn käännellessään Herttoniemessä sijaitsevan hiidenkiukaan kiviä: muinaishaudan pohjalla makaa jo jonkin aikaa kuolleena ollut tuntematon vainaja. Vaikuttaa siltä, että horrossaarnaaja Mirjam Drifva on jollain hämärällä tavalla sotkeutunut juttuun, minkä lisäksi menneisyydessä tapahtunut erehdys uhkaa syöstä hänet arvaamattomaan kurimukseen ja kannattajien hylkäämäksi. Samoihin aikoihin entinen miliisi Leo Waara vapautuu Viaporin vankileiriltä, jonne hän on joutunut Helsingin valtauksen yhteydessä huhtikuussa 1918. Kun leirin vartiopäällikkö löytyy kuoliaaksi ammuttuna kadunvarresta, epäilykset kohdistuvat Leoon. Tapauksia yksityisesti tutkimaan ryhtynyt Anders Autio joutuu tarkastelemaan asioita toisinaan hyvinkin henkilökohtaisesta näkökulmasta ja yllättymään vaiettujen salaisuuksien paljastuessa yksi kerrallaan.
Kivikalmisto on itsenäinen jatko-osa Timo Saarron vuosiin 1917-18 sijoittuville rikosromaaneille. Vuoden johtolangalla 2018 palkitun Kuoleman kuukauden sekä Kevään varjon tavoin se kuvaa epävakaan ja myllerryksiä täynnä olevan aikakauden oloja Helsingissä väkevänä panoraamana ja kertoo tutuksi tulleiden päähenkilöidensä kautta yksityisten ihmisten kohtaloista noina vuosina.