Der er ikke meget ”Herrens år” over 1624. Aalborg er et snævert og beskidt samfund, hvor sygdom og pandemier hærger. Døden er en nærværende del af hverdagen. Men byens handel blomstrer.
Storkøbmænd bygger prangende stenhuse og slås med oprørske håndværkere om tariffer og arbejdsforhold. Kirken bestemmer tilsyneladende, men overtroen er overalt, og hekse kastes på bålet
på Christian 4’s opfordring, og med videnskabens anbefalinger. Der er brug for syndebukke. Boghandlersønnen Daniel leder efter sin far, der blev bortvist for at sælge ulovlige bøger. Mens han leder efter informationer, f.eks. på markedet, der kan sætte ham på sporet, møder han
præstedatteren Christine, og trods standsforskelle modnes deres forhold, da de sammen forsøger at finde ud af, hvorfor Christines mor mistede sin forstand. Skam og stand skiller dem ad, men alt forandres, da Christian 4. involverer landet i religionskrigen mellem protestanter og katolikker,
som i tredive år har plaget Europa. Da krigen rammer byen, og kejserens tropper ankommer som besættelsesmagt, bliver profetierne om undergang til grum virkelighed, der ændrer Daniels
og Christines liv.
Boghandlerens søn er en fortælling om købmænd, borgere og adelige, om soldater, sørøvere og fattigfolk, og bønder der slås mod soldater. Et dramatisk og næsten autentisk tidsbillede af livet
for fire hundrede år siden. Er det mon Aalborgs DNA, Lars Jespersen har indfanget?