Die Chakren sind nicht identisch mit dem Bewußtsein, die Chakren sind auch nicht identisch mit den Organen des Körpers - sie sind der Übergang zwischen Bewußtsein und Körper.
Mit den Chakren nimmt das Bewußtsein den Körper wahr und wirkt auf den Körper. Wenn sich im Bewußtsein ein Widerspruch befindet, wird er auch in in einem Chakra auftauchen und somit früher oder später auch in dem zu diesem Chakra gehörenden Organ - und dort zu einer Krankheit werden.
Die meisten Organe entsprechen den Chakren, in deren Nähe sie liegen, doch manche Organe sind im Laufe der Evolution auch an eine andere Stelle gerutscht. So befinden sich die Milchdrüsen beim Menschen inzwischen auf der Brust und nicht mehr wie bei den übrigen Säugetieren beim Hara - wie z.B. der Euter der Kuh.
Zum genaueren Verständnis der Zuordnung der Organe zu den Chakren ist also auch die Entwicklung des Aufbaus des Körpers notwendig - so ist z.B. die Lunge aus der Schwimmblase der Fische entstanden. Zudem ist es sinnvoll, sich die Funktion der Chakren und der Organe genau anzuschauen, um erkennen zu können, was womit im Zusammenhang steht. Schließlich ist es noch förderlich, außer den sieben Hauptchakren auch noch Nebenchakren mit zu berücksichtigen.