Ida och Lasse har lyckats komma in i Ryssland och tar sig vidare till Moskva för att finna Idas mormor Alma. Med sig har de ett fragment av en besynnerlig fossilsten som trotsar alla naturvetenskapliga förklaringar - Jungfrustenen.
Dessutom för de med sig en tidigare okänd dagbok av Linnélärjungen Daniel Solander samt ett antal dyrbara ryska smycken som för över två hundra år sedan gömdes undan i en avlägsen älv i norra Finland.
Ida och Lasse ska tillsammans med Alma försöka hitta de övriga tre fossilfragmenten, men ett hotfullt forskarnätverk är dem tätt i hälarna och kan göra vad som helst för att få fatt i stenarna.
Dessutom vill Ida få svar på den fråga som präglat hela hennes liv: Är hennes mamma Eva död eller kan det vara så att hon fortfarande lever?
Fossildrottningen är andra delen av sex i en fartfylld, lekfull och gripande thrillerserie. Det handlar om mystiska grundämnen, försvunna mödrar och en annalkande ekologisk katastrof. Bara om Ida, Eva och Alma hittar varandra i tid kan de lösa den svindlande gåtan och rädda världen.