Zehn Jahre sind vergangen, seit Mutanten aus dem Exil zurückkehrten und versucht haben, Orchis zu Fall zu bringen. Vergebens. Jetzt beabsichtigen die mächtigen Maschinen Nimrod und Omega Sentinel eine binäre Gottheit zu entfesseln, die sämtliches Leben auf der Erde auslöschen soll. Und die einzigen, die ihren Plan vereiteln können, sind die X-Men, ein Verräter und die Urgewalt namens Phoenix!