Da Kaare Scheuer Pedersen blev født i 1935, havde hans mor ønsket sig en pige. Derfor klædte og opdrog hun sin søn som en pige. Hun lod ham forstå, at lægerne snildt kunne opfylde hans drøm om at blive forvandlet til den pige, han var indeni, så snart han fyldte 18 år. Men sådan var virkeligheden ikke, og i næsten en hel menneskealder har Kaare Scheuer Pedersen levet i medgang og modgang med sit kvindelige alter ego.

Alter Ego er en modig, utrolig og horisontudvidende beretning om det livslange arbejde at komme overens med sin skæbne og sit køn.