Sabotage mod jernbaner og firmaer, der producerer for fjenden. Strejker. Modtagelse af våbenleverancer nedkastet af allierede fly på øde marker ved nattetide. Jagt på landsforrædere. Stikkerlikvideringer.

Modstanden mod den tyske besættelsesmagt 1940-45 på Fyn er på mange måder et minibillede af modstandskampen på landsplan. Det begynder med spredt hærværk mod tyskerne og ender med bombninger af industrimål og stikkerlikvideringer, der kræver minutiøs planlægning.

Fyn i krig er fortællingen om mennesker, der er villige til at ofre livet for Danmarks frihed og i mange tilfælde møder døden efter at have været udsat for grusom tortur.

Den fynske modstandskamp er også beretningen om, hvordan der skabes usædvanlige samarbejdsrelationer fx mellem borgerlige og kommunister i den fælles front mod tyskerne. Det er tillige en fascinerende skildring af samarbejdet mellem en række markante personligheder i store og små fynske byer.