Lille Guds barn tager sin begyndelse i en lille provinsby kort efter Anden Verdenskrigs afslutning. Den handler om Emma, der forsøger at navigere gennem en forvirret opvækst med mange forandringer og udfordringer. At Emmas far er ude af billedet, allerede før hun bliver født, og at hendes mor selv har svært ved at få tilværelsen til at hænge sammen, gør ikke opgaven lettere.
Set fra Emmas synspunkt giver tilværelsen kun mening og sammenhæng, når hun stoler på sig selv og sine egne fornemmelser, og hun udvikler en nærmest synsk følsomhed, der står i skarp kontrast til mange af de ord, der kommer ud af voksne menneskers munde.
Og da hun midt i det hele bliver omplantet fra trygge barndomsrammer i en lille by til København, får hun god brug for denne hendes helt specielle orienteringsevne. Vi følger Emma fra fødslen og frem til hendes første gryende opfattelse af sig selv som et voksent væsen, der træffer egne valg.