Året er 1967. Tvillingebrødrene Halvor og Janus har netop fundet hinanden efter at være blevet adskilt ved fødslen. I selskab med Janus’ barndomsven Frederik fra børnehjemmet Kana rejser brødrene til Israel i kibbutz, i håbet om at eventyret kan bringe dem nærmere hinanden. Forholdet mellem de tre unge mænd slår fra starten gnister, men på den skæbnesvangre 5. juni bryder helvede løs, da der opstår krig i Mellemøsten. De tre unge mænd står overfor deres livs hårdeste udfordring og involveres i en altomfattende konflikt, som hverken har vindere eller tabere.

Seks dage i juni udspiller sig under begivenhederne, der udgjorde Seksdageskrigen. Det er en fortælling om kærlighed og familiebånd og konsekvensen af de beslutninger, mennesker må træffe, når de presses til det yderste.

Uroen i Mellemøsten er et evigt aktuelt emne, hvor Israel og de omkringliggende lande kæmper hver deres sag i en verden, som udnytter området til at fremme egne interesser. Alle krige er beskidte og ikke mindst Seksdageskrigen, som er det bedste eksempel på, at konflikten i dette område aldrig ender.