I 1904 vokser Ejnar op i Marstal, en lille by på øen Ærø. Her møder han den smukke Eva, og de oplever sammen en kortvarig lykke, inden Eva kommer ud for en voldsom ulykke. Ejnar drives af hævntørst, der fører ham til Chicago og senere hvirvler ham ind i en række begivenheder. Han deltager i 1. verdenskrig for amerikanerne og er aktiv modstandsmand under 2. verdenskrig. Havets skygge er en beretning om to generationer, der oplever stor passion, forelskelse og dyb kærlighed på trods af barske livsomstændigheder.

Romanen bygger på en række virkelige personer og hændelser.