En tidig junimorgon hittas en tonårspojke död på strandkanten intill Östra Ringsjön. Till en början tror polisen att det rör sig om en tragisk drunkningsolycka, men snart väcks misstanken om att det kan röra sig om ett mord.

När kriminalkommissarien Sam Sköld och hans kollega Elena Svärd börjar gräva i fallet framträder en trasig familjebild och sorgliga omständigheter i den unga mannens liv. Kanske är det enkla svaret att det rör sig om ett mord utfört inom den närmaste kretsen. Men snart upptäcker Sam och Elena något som tyder på en koppling mellan mordet och ett tidigare ouppklarat fall. Ett fall med en pojke som försvann på väg hem från skolan för sex år sedan och som aldrig återfunnits.

"Tyst vatten" är den andra, fristående, delen i serien ”Morden i Skåne” med utredarna vid Eslövpolisen.