Femten år er gået siden Sofia flygtede fra sekten på Tågeøen. Sektens leder Franz Oswald er ikke set siden, men da en voldsom storm fejer hen over Sverige, kommer han ud af mørket. Han er klar til at udbrede sin sekt i hele verden og bliver med sin nye miljøbevidsthed mere populær end nogensinde.

Bag facaden udøver han et grusomt og manipulerende tyranni, der ikke mindst går ud over sektens børn. To af dem er hans egne sønner, Thor og Vic, der er opdraget efter sektens regler med henblik på at blive trofaste soldater i farens tjeneste. Men jo ældre Thor bliver, jo mere vokser tvivlen. Hvem er Franz Oswald egentlig? Og hvor langt er han villig til at gå for at opretholde sin magt?

Sofia driver nu et værested for unge, der er flygtet fra sekter, men det bliver fuldstændig ødelagt af stormen. Hun har lovet sig selv aldrig at tage kontakt med Franz Oswald igen. Det viser sig at være vanskeligere end først antaget, og inden længe er hun en del af en uhyggelig katten-efter-musen-leg, hvor kun en af dem kan vinde.

Sektens børn er den dramatiske afslutning på serien om sekten ViaTerra, hvor magt, manipulation og vold er en del af hverdagen.