Historia secreta de la conquista de América pretende rescatar aquellos hechos que tuvieron relevancia para el desarrollo de la llegada a América y para la posterior configuración tanto de las fronteras sudamericanas como de la propia identidad hispanoamericana. Son hechos olvidados por la distancia temporal entre aquellos hombres y nosotros, o también ninguneados por aquellos que pretendieron acrecentar su fama u ocultar sus delitos, no obstante algunos de ellos, como la incidencia de las enfermedades en colonos e indígenas o las diversas leyendas y expediciones en busca de El Dorado, son fundamentales para comprender cómo se realizó la llegada al Nuevo Mundo y qué puntos de contacto entre españoles y americanos han formado la identidad hispanoamericana.
Reúne Gabriel Sánchez Sorondo una ingente cantidad de información tomada de las propias crónicas de los europeos que servirá para que comprendamos los pormenores de la llegada a América. Veremos de este modo cómo las enfermedades ayudaron a Cortés y a Pizarro en sus conquistas de Tenochtitlán o de Cuzco, pero hubo otras epidemias que afectaron a ambos bandos como el tifus o la influenza, y aún hubo otras como la malaria, la fiebre amarilla o el paludismo que diezmaron sólo a los colonos; tampoco se ha dado mucha importancia en la historia oficial al papel de los perros de guerra que utilizaron los españoles, los alanos, y que permitieron, en muchos casos, vencer a los numerosos ejércitos americanos; también nos detallará episodios apasionantes como la búsqueda de El Dorado que se convirtió en una auténtica aventura exploratoria, o los distintos casos de canibalismo en las filas españolas; pero, dentro del horror que marca las batallas, encontrará el autor un hueco para las relaciones amorosas y amistosas, que también han quedado recogidas, entre españoles y americanos.
Desde la propia etimología de América, la relación entre la crónica oficial y la realidad de la llegada del continente americano, no ha sido unívoca, sino que ha estado mediada por interpretaciones y silencios que han arrojado a los márgenes de la historia los relatos que este libro saca a la luz.