Principio de Incertidumbre es una novela que se desarrolla a lo largo de una noche. El hermano de Marta, Ulises, se ha suicidado tres semanas atrás, dejando una serie de diarios que bien pudieran ser verdad o ficción. Los cuadernos de Ulises narran lo sucedido diez años atrás, cuando él cursaba la carrera de física en la universidad y pasaba la mayor parte del tiempo con su amigo Gilberto Camarena y una muchacha demasiado bonita para ser física: Sofía. Los tres, apasionados de la física cuántica, llevaron a cabo algo que sin duda los cambió. Un experimento inspirado en el trabajo de Scrhödinger que a los ojos de Marta ofrece una explicación: el motivo por el cual su hermano decidió aislarse, trabajando como mecánico de calderas de un club deportivo durante diez años hasta el día de su muerte.
Marta, en un intento por saber la verdad, se propone engañar a Gilberto Camarena diciéndole que Ulises dejó instrucciones para entregarle a él los diarios. Ella finge no conocer el contenido de los cuadernos y ha dispuesto un escenario en el pequeño departamento de Ulises, bajo la alberca donde se suicidó. Su plan es obligarlo leer los diarios esa misma noche, en la habitación, para luego cuestionarlo y saber por fin, la verdad.
Sin embargo, hay una dificultad: Gilberto puede mentir, como ella miente. De manera que Marta se ha puesto en contacto con cuatro compañeros de la generación de Ulises y un profesor de la facultad de Física. Las entrevistas a estos personajes se intercalan con la trama principal, de manera que poco a poco el lector profundice en lo que Marta sabe, así como en las personalidades de Ulises, Gilberto y Sofía. Los testimonios, empañados por el punto de vista de cada uno de los entrevistados, darán luz u oscuridad a los diarios de Ulises.
La pareja de Marta, Raúl, es el único que conoce su plan. La noche anterior a la cita con Gilberto ha tratado de disuadirla, dándole a las entrevistas y los cuadernos una interpretación que apela más al sentido común y menos a la ficción. Es él quien da un punto de vista externo e intenta darle a la historia una objetividad que ella no puede. Su relación con Marta y sus argumentos se exponen intercalados con la trama principal, a manera de flashback.
Gilberto Camarena llega a la cita y Marta lo recibe en el departamento donde el que el tiempo se marca por los sonidos que producen las tuberías y la descarga de vapor en las calderas. La noche apenas empieza y tiene, como el experimento del gato atrapado en una caja con veneno, sólo dos finales posibles. Dos finales que son verdad bajo el Principio de Incertidumbre: el gato permanece tanto vivo como muerto y los diarios de Ulises son tanto ficción como realidad, hasta que alguien abra la caja.
