Kylan har Karlskrona i ett fast grepp och Mira lever i en ny vardag med lilla Amelie. Omställningen från omväxlande dagar på polishuset till mammaledighet är stor och hon saknar ett socialt sammanhang. En dag ser hon ett reklamblad för musiklek för barn och vuxna hos församlingen Guds ljus, och hon välkomnas snabbt in i värme och gemenskap.
Samtidigt har Miras kollega Herman precis kommit tillbaka till enheten för grova brott efter att ha varit långledig. De får ett larm om att alla medlemmar i en familj har hittats döda i sitt hem i Hässlegården. Kort därpå hittas även ett äldre par döda. Snart visar det sig att det finns en koppling till Guds ljus, och trots att Mira är föräldraledig hamnar hon mitt i utredningen.
Den dödliga sekten är den fristående fortsättningen till Det stulna barnet, Det hemliga sällskapet, Den brinnande vreden och Den mörka sanningen i serien om kommissarie Mira Lewén i Karlskrona.
