Tyskland, 1945. Med bankende hjerte flygter Hannelore Foss fra togstationen og ind i den første bil hun ser. Gennem mange grusomme år har hun bekæmpet sin far, en højtstående og berygtet nazist, og efter hun er blevet taget på fersk gerning i et forsøg på at redde de familier, som i stuvende fulde togvogne havde kurs mod koncentrationslejrene, må hun nu flygte til Berlin, for at genoptage sin kamp for frihed.
Et år senere. Hanni har taget sig et nyt navn og bor nu alene i en lille lejlighed i udkanten af Berlin. Hun arbejder på at indsamle beviser mod sin fars forbrydelser, som hun kan overlevere til de britiske myndigheder. Men hendes plan trues, da hun finder et lig gemt i en sønderbombet bygning og møder Freddy, en ung efterforsker med et plaget sind.
Mens Hanni og Freddy opklarer den ene chokerende sandhed efter den anden, forelsker de sig håbløst i hinanden. Men de skjuler begge hemmeligheder fra krigen, og Hanni ved, at en fremtid med Freddy er tabt, hvis hun ikke konfronterer sine egne dæmoner.
Kommandantens datter er første bind den storslåede serie om Hanni Winter. En hjerteskærende fortælling om nazismens grusomheder og menneskes magt til at ændre kursen for sin egen skæbne.