Vattnet sjunker undan i sjön Kleifarvatn på Island. Och på sjöbotten, fastbundet vid en rysk spionutrustning, hittas liket av en man. Det står genast klart att skelettet är gammalt, och allt pekar på att brottet har begåtts under tiden för kalla kriget. Samtidigt som Erlendur Sveinsson och hans kollegor jobbar sig bakåt i tiden med hjälp av olika indicier berättas en annan historia. Den handlar om en ung isländsk student i Östtyskland på 50-talet och slutar så småningom i vår tid.

Händelser från två tidsplan vävs samman i en spännande berättelse om hur en grupp isländska ungdomar, uppfyllda av drömmar och hopp, ger sig av för att studera i det kommunistiska himmelriket Östtyskland där de dock möts av moraliskt förtryck och ett allestädes närvarande angiverisystem.

Mannen i sjön är den fjärde delen i serien om poliserna Erlendur Sveinsson, Sigurður Óli och Elínborg.