Skuddene i København er en reportage fra ytringsfrihedens skandinaviske frontlinje. Gennem interviews med fremtrædende danske og svenske kulturpersonligheder og politikere fortæller den svenske journalist og forfatter Niklas Orrenius en historie om to velfærdssamfund, der har bevæget sig i hver sin retning under truslen fra islamiske ekstremister. Hvor kunstneren Lars Vilks er blevet en persona non grata i Sverige, hylder vi herhjemme kunstnere, der har udfordret ytringsfrihedens grænser. Men fortjener Lars Vilks at skulle leve som en paria i Sverige, eller har det svenske samfund svigtet sine værdier?