La tesis sostenida en El reconocimiento de la humanidad es que el moderno orden secular se sustentó en Occidente en la categoría de género humano, una categoría de pensamiento extraña al mundo protestante de los elegidos. Tras el descubrimiento del Nuevo Mundo esta categoría se expandió, tanto en España como en América Latina, impulsada por la llamada Escuela de Salamanca.
¿Cómo explicar que esa primera modernidad del sur, que fue decisiva en el proceso de formación de un pensamiento racional y científico, haya sido mayoritariamente marginada, ignorada o infravalorada por los historiadores? ¿Cómo explicar que los países hispanos, en donde presuntamente se produjo ese primer avance de secularización y de democratización, se hayan incorporado tardíamente al mundo moderno, hasta el punto de que la Iglesia Católica sigue aún en la actualidad marcando fuertemente la agenda de los gobiernos?
En el libro se abordan estas y otras cuestiones, y se argumenta que la formación de la idea de humanidad, en íntima relación con las navegaciones y descubrimientos, abrieron el camino a la constitución de un nuevo espacio mental, a un nuevo sistema de pensamiento que se articuló con específicas condiciones sociales y políticas. La historia intelectual únicamente resulta inteligible a la luz de la historia social.
El reconocimiento de la humanidad abrió la caja de Pandora del problema de la legitimidad del poder. ¿Si todos los seres humanos compartimos una naturaleza común, por qué unos mandan y otros obedecen, por qué unos son ricos y otros pobres, de dónde dimana la propiedad, la sociedad, y el Estado? Las bases para un nuevo pensamiento político, al margen del orden teocrático, propio de la cristiandad, estaban puestas. Frente a las ideas recibidas, se avanza en esta obra una nueva línea explicativa de la génesis de la modernidad que, centrada especialmente en el siglo XVI, atraviesa España, Portugal y América Latina.