كشف الأسرار كتاب سياسي، عقائدي واجتماعي، ردَّ فيه الخميني على الشبهات المثارة ضد الدين والعلماء الشيعة. وقد برهن ذلك استناداً للحقائق التاريخية، وضمن استعراض ونقد آراء فلاسفة اليونان القديمة، والفلاسفة الإسلاميين والغربيين المعاصرين، مؤكداً على حقانية التشيع الذي نهض به العلماء المسلمون. وتناول الكتاب فكرة الحكومة الإسلامية وولاية الفقيه في عصر غيبة الإمام الثاني عشر للشيعة، وفضح السياسات المعادية للدين التي مارسها رضا شاه وجماعته آنذاك. يحتوي الكتاب على ستة مقالات.