Da han lander i Estland, er han blevet syg. Han diagnosticeres med en sjælden blodsygdom og flyves tilbage til Danmark. Her flytter han ind på Rigshospitalet. Bogens jegfortæller opgiver sit normale liv og flytter ind til den syge ven på hospitalet. De lever i isolation, mens den syge krop langsomt giver op. Han vil ikke snakke om døden, han vil snakke om fremtiden i Estland, om huset i skoven, der venter på ham, om søen Peipus, der deler Estland og Rusland, om en stum kohyrde, der hedder Pille, om hærføreren Alexander Nevskijs bedrifter og om bugnende løgmarker. De får besøg fra Estland på stuen.

Min syge ven er en roman om invasioner. En krop invaderes af en dødelig sygdom. Estland er gennem århundreder blevet invaderet af nabolande. Den syge ven bliver invaderet af jeget, der langsomt overtager hans funktioner som søn, ven og elsker.