Neja tror, at livet vil køre på skinner fra nu af, fordi hun og moren er flyttet ind i en rigtig lejlighed. Men hvem sender hende ondskabsfulde sms’er? Hvorfor kommer hun til at ødelægge sine malerier med uhyggelige monstre, og hvorfra kommer den dreng med flossede hænder, hun konstant møder i bageriets kælder?

Neja, hvis navn består af nej og ja, kæmper for at finde sin plads i livet, og somme tider er hun tæt på at give op. Men så har hun heldigvis Rina, som er både klog og skør og en rigtig ven.

"Neja og børnefængslet" er en selvstændig opfølger til "Neja og manden i tårnet".