Neja er 12, hun bor i en skodlejlighed, hun går i tøj fra Kirkens Korshær og har ikke engang en telefon. Hendes liv er fyldt med spørgsmål: Hvad er der blevet af hendes storebror? Hvor er hendes far? Hvem tilhører den vrede stemme, som råber ad hende hele tiden? Hvad er det hendes mors klamme bofælle handler med? Og det allermest uhyggelige: Hvad foregår der i Frelserkirkens tårn, som hun gang på gang lister sig op i, selv om hun er dødsens bange?
NEJA OG MANDEN I TÅRNET er en historie om fattigdom og fantasi, om at være lidt for ivrig og lidt for angst og om venskab og overlevelse.