Skibet der forsvandt fortæller for første gang hele historien om grønlandsskibet Hans Hedtoft, Danmarks Titanic: Det var Den kongelige Grønlandske Handels mest moderne polarskib. Et nybygget skib, der blev betragtet som synkefrit. Alligevel forliste det på på sin jomfrurejse i det stormfulde hav syd for Kap Farvel den 30. januar 1959, og vraget er aldrig blevet fundet. Forliset førte sidenhen til en stor politisk skandale i Danmark og er stadig den mest omstridte skibskatastofe i nyere dansk historie.

Bogen bygger på interview med pårørende til de fleste om bord på vidunderskibet. Forfatterne har som de første nogensinde haft særlig adgang til fortrolige dokumenter, private breve, lommebøger, dagbøger og interne papirer. Derfor er der mange hidtil ukendte oplysninger i denne dokumentariske skildring af den tragiske skibskatastrofe.