Att bo i en fyr på en öde ö mitt ute i Östersjön var inte vad Jonathans lillasyster Elin hade hoppats på när de planerade sportlovet. Hon ville åka till Kanarieöarna. Jonathan blev desto gladare. Flera gånger hade han varit på Stora Karlsö och upplevt spännande äventyr och han såg fram emot sportlovsveckan.
Att det skulle bli extra äventyrligt hade han ingen tanke på. Den här gången skulle det ju bara vara familjen och de skulle ha hela ön för sig själv. Trodde han. Men när Jonathan hittar en radiosändare och dessutom lyckas få igång den, får ön besök av både ovälkomna och välkomna gäster. Tillsammans med bästa kompisen Viggo som är kvar i Stockholm, och försvarets underrättelsetjänst, nystar de upp en spionliga som fått härja ostört i trettio år.
Spionligan är den tredje boken om Jonathans äventyr på Stora Karlsö. De lovordade Fossilligan och Grottligan kom ut 2017 respektive 2018.