De tre syskonen Nico, Julia och Antonio skiljs åt efter att deras föräldrar dödats av ett blixtnedslag. Nico börjar arbeta på kaffeplantagen och hans två yngre syskon skickas till ett barnhem i staden. De två bröderna återförenas och några år senare reser de med en mystisk båt på andra sidan berget för att leta efter sin syster.
I berättelsen om det hårda livet på den brasili anska landsbygden under 1900-talets första hälft framträder en drömsk verklighet i !era lager. Syskonen Malaquias är en unik skildring av tre gripande livs öden i brytpunkten mellan moder nitet och tradition.