Kate, Michael og Emma har indledt en hÌsblÌsende jagt pü Dødens bog. De skal finde den, før Magus für fingre i den. For gør han det, vil alle tre bøger fra Begyndelsen vÌre samlet pü Êt sted, og deres forenede energi vi udløse en ustoppelig kraft.
Emma er sidste brik i det store skÌbnepuslespil, og hun bliver tvunget til at konfrontere de mørkeste sider af sig selv, süvel som de rÌdselsvÌkkende uhyrer og ünder, der bor i de verdener, hun mü rejse igennem. Kun hvis hun formür at mestre den sidste og farligste bogs krÌfter, vil hun, Kate og Michael kunne redde verden fra en altødelÌggende krig.
Selve det stof, tiden er gjort af, falder fra hinanden, da Emma tager ud pĂĽ sin søgen efter en afslutning â god eller dĂĽrlig â pĂĽ det episke eventyr, hun, hendes forĂŚldre og hendes søskende er blevet hvirvlet ind i.
"Den kulsorte protokol" er tredje og sidste del af trilogien "Bøger fra Begyndelsen".