Blandt regnskovens stammefolk dybt inde i Amazonas er forsker dr. Annick Swenson i gang med at udvikle et medikament, der vil kunne forandre kvinders liv for al fremtid. Projektet er omgÌrdet af stor mystik, Swenson nÌgter at rapportere hjem, og investorerne er ved at miste tülmodigheden. Anders Eckman fra Swensons medicinalfirma sendes ned for at undersøge sagen. Det eneste, der kommer retur, er meddelelsen om hans død.
Marina Singh, kollega til Anders og tidligere student under dr. Swenson, tager nu af sted â helt ind i Sydamerikas mørke hjerte â for at undersøge det pĂĽstĂĽede dødsfald og for at finde ud af, hvad det er for en velbevogtet hemmelighed, dr. Swenson skjuler.
Marina ved ikke, at der i dette ĂŚldgamle hjørne af verden lurer farer, som kommer til at overgĂĽ hendes vildeste fantasi. Den unge forsker mĂĽ lĂŚre at navigere i et territorium, hvor fornuften er sat ud af spil â og det er kun tiden, der kan vise, om dr. Swenson har lĂŚrt hende nok.
Mirakelfloden er en fortĂŚlling om kĂŚrlighed, vanvid og frygt og om de dilemmaer, der opstĂĽr, nĂĽr videnskaben kolliderer med vores forestillinger om fornuft og etik.