Numerosos estudios señalan que, en América Latina, los y las jóvenes de la comunidad lgtbi son víctimas de diversas formas de discriminación y violencia en los ámbitos familiar y escolar. Colombia no es la excepción. Esta investigación, que se realizó en cinco colegios de la ciudad de Pasto, aborda el problema desde una perspectiva bioética, a fin de comprender los conflictos de valores que emergen en la comunidad educativa en torno a los y las estudiantes con identidades y orientaciones sexo-genéricas no binarias. Con tal propósito, el autor determina los juicios presentes en los discursos de estudiantes, madres y docentes; luego, valiéndose del método deliberativo, devela los problemas morales que surgen en situaciones concretas cuando los individuos no encajan en la norma binaria. Escuchar las voces de los y las jóvenes y confrontarlas con las de sus docentes y madres permite interpretar los conflictos de valores a la luz de la bioética, que invita a la aceptación de la diferencia, el reconocimiento de la individualidad y el respeto a la dignidad de todos los seres humanos.