I en jernlunge på Blegdamshospitalet ligger en ung, poliosyg pige, hun er lammet og afhængig af maskinen, som hjælper hende med at trække vejret. På et børnehjemt i en skov uden for Budapest vokser et navnløst barn op og får kaldenavnet Dreng, men Dreng er ikke som de andre. Fanget i hver sin ensomhed længes de to unge mennesker efter kærlighed og frihed, og på tværs af tid og rum opstår et gådefuldt og ubrydeligt bånd imellem dem.
Jernlungen er en roman med historiske og fantastiske elementer; en original og gribende fortælling om køn og krop, kærlighed og frigørelse og om retten til at leve livet, som man selv vil - og som den, man er. Den ene del af handlingen foregår i København i 1950'erne, mens den anden del udspiller sig uden for Budapest i årene 1913–1917.