Pierre, officier de marine, a pris en amitié Yves, un matelot porté sur la boisson mais très bon gabier. Du jour où la vieille mère d'Yves implore Pierre de veiller sur son fils comme il le ferait d'un frère, Pierre n'a de cesse de mettre son "nouveau frère" dans le bon chemin.

"Mon frère Yves" est le journal de Loti, contant son amitié avec Yves : une amitié virile, une amitié fraternelle et parfois une amitié naïve. Ce sont aussi des descriptions des marins à bord des navires, de la société paysanne, du Brest (quartier à l'entour du port) des marins, de la misère.

Avec "Pêcheur d'Islande" et "Matelot", "Mon frère Yves" fait partie des trois romans maritimes écrits par Pierre Loti.