WarpZone Apocalypse se concentre sur le personnage d’Eve Bones et se situe chronologiquement après WarpZone Project. Suite à différents évènements fâcheux, cette dernière est devenue un élément particulièrement indésirable pour le WarpZone Project qui cherche par tous les moyens à s’en débarrasser. Inculpée pour avoir exterminé tous les habitants d’une planète, le WarpZone Project est bien ennuyé et ne sait quel sort réserver à celle dont le don inné est celui de l’immortalité. Placée sous la vigilance d’un auteur et accompagnée d’un ancien détenu pour garde du corps, ils vont devoir à eux trois se débrouiller pour corriger les erreurs du passé si elle veut espérer échapper à la prison à perpétuité ce qui peut être long dans son cas.