Roland Nilsson är utsänd av Svenska Fotbollförbundet för att hitta ett projekt att stödja inför VM i Brasilien 2014. På en ö stöter han på ett gäng ungdomar som just anlagt en plan och bildat ett lag. Förutsättningarna är goda. De får till och med ett uppmuntrande sms från landsmannen Daniel Alves, högerback i Barcelona. Problemet är bara att många i byn inte vill acceptera denna fotbollsplan, och konflikten blir snart våldsam. En bybo, Oscar Gama, hittas brutalt mördad.

Det hela hamnar på kommissarie Santos bord. Egentligen är han obenägen att arbeta, men när även offrets bror mördas känner sig Santos ändå tvungen att börja gräva i det hela. Nilsson känner sig splittrad. Ska han uppsöka den obehaglige kommissarien och berätta vad han vet, eller ska han hålla tyst av lojalitet med laget och sitt projekt? Och vad ska han säga till kollegorna i Stockholm?

"Smärta" berättar om ett Brasilien bortom karneval, samba och fotboll. Ett land där våldet är vardag, och en liten konflikt lätt blir blodigt allvar. Santos är korrupt och lat, men fruktansvärd när han väl har bestämt sig. Och han är den ende som kan lösa morden på bröderna Gama.