Nadat zijn 70ste boek over De Cock was verschenen, gaf Baantjer in een uitzending van Het Gesprek bekend een nieuw boek te gaan schrijven. Dit deed hij samen met Simon de Waal, welke verscheen in 2009 met de titel Een Rus in de Jordaan. In april 2010 verscheen van het schrijversduo het boek Een lijk in de kast. Hun derde boek samen verscheen na de dood van Appie, namelijk in oktober 2010, Een dief in de nacht. Simon de Waal heeft de televisieserie van De Cock geschreven en is zelf tevens rechercheur.

Eind augustus 2010, op 29 augustus om precies te zijn overlijdt Appie Baantjer op 86-jarige leeftijd nadat hij korte tijd ziek is geweest. Hij leed aan een agressieve vorm van slokdarmkanker.