In diepe wateren van Karen Rose speelt zich af in het zinderende New Orleans.
Het leven van officier van justitie Kaj Cardozo staat op zijn kop als twee gemaskerde mannen zijn zoon Elijah proberen te ontvoeren. Gezien de spraakmakende zaak waar Kaj aan werkt, is hij niet van plan nog meer risico's te nemen en huurt Val Sorensen in als lijfwacht voor zijn zoon.
Terwijl Kaj en Val samenwerken om een tweede ontvoeringspoging te voorkomen, ontdekken ze een spoor van geweld en bedrog dat terugleidt naar de broers Aaron en Corey Gates. Zij staan op het punt alles wat Kaj dierbaar is te bedreigen….