Emil Wern är elva år och bor i Visby, precis innanför ringmuren. Där i trädgården står en gammal gul kiosk som Emil har förvandlat till detektivbyrå. Och i Visby behövs det verkligen en sådan, för det kryllar av skumma typer. Tillsammans med lillasystern Linda och den ganska korkade hunden Molly löser Emil riktigt knepiga mysterier.

I Skeppets gåta lägger det väldiga fartyget Ostindiefararen till i Visby hamn. Stadens orkester - under ledning av trumpeterskan Louise Armstrong - står vid kajen för att hälsa besättningen och dess stolta kapten välkomna. Ombord finns även Ubbes pappa Tommy, som bestämt sig för att överraska sina barn och komma hem och hälsa på några dagar.

Men överraskningen blir inte som han tänkt sig och på kvällen, när landshövdingen ska bjuda på festmiddag, är kapten Morgan plötsligt spårlöst försvunnen. Vem såg honom senast? Varför ser Styrbjörn Sjöbjörn så lurig ut? Och vad är det för skrapande ljud som hörs inifrån skeppets skrov?

En sak är i alla fall säker: Privatdetektiv Emil Wern står inför sitt knivigaste fall någonsin.