En kall vinterkväll 2001 förs två män ut till ett väntande flygplan på Bromma flygplats. De har fått sina kläder uppskurna av maskerade män i rånarluvor, och barfota leds de ut till planet försedda med blöjor, overaller, handbojor, fotbojor och huvor. Dagen därpå torteras de av Mubarakregimens säkerhetstjänst i Egypten.

Två år senare börjar tre journalister nysta i historien om de två egyptierna och ett mystiskt flygplan med beteckningen N379P som dyker upp på en rad platser runt om i världen där människor samtidigt verkar försvinna spårlöst. Spåren leder in i en värld med hemliga CIA-agenter, italienska åklagare och en flygflotta med exklusiva affärsplan som transporterar en mycket speciell typ av last.

Spår är en dokumentär thriller och en spännande berättelse om tre journalisters ihärdiga sökande efter sanningen. Men framför allt är det en berättelse om världen efter den 11 september, om svenska tjänstemän som blundar med öppna ögon, och om en av de största politiska skandalerna i Sveriges moderna historia.