India 1925. Britiske James MacDonald driver en teplantasje i provinsen Assam. Han trives i India, og har ikke noen hast med å gifte seg med en av de mange kvinnene som blir sendt til imperiet med det mål for øye å finne seg en ektemann. I stedet tar han en ung indisk kvinne som sin konkubine, uten å ane hvilke konsekvenser det skal få. Forholdet blir begynnelsen på historien om søstrene Serafina og Mary, som vokser opp mellom to verdener. Ingen vil vedkjenne seg dem, og de faller utenfor i alle lag av det indiske samfunnet. Når krigen kommer og India blir delt, må de to søstrene se sannheten om foreldrene i øynene, og på egen hånd lete etter et sted å høre til. Det blir en reise full av forbudte spørsmål, skjulte svar og vanskelige avgjørelser. Søstrene må foreta valg som kommer til å prege resten av livet deres, og Mary lover Serafina å holde på en mørk hemmelighet - så lenge de begge er i live. De hemmelige barna er en sterk og personlig fortelling der forfatteren tar utgangspunkt i sin egen familiehistorie. Den gir et mangfoldig og spennende bilde av India fra 1920-tallet og framover, både når det gjelder historie og kultur.