Det danske oljeskipet MS Marta seiler mellom Midtøsten og Kina, i farvann som kontrolleres av pirater. Da besetningen truer med å si opp hvis de ikke får beskyttelse, reiser Caroline Kayser ned til dem for å løse konflikten. Hun betrakter situasjonen som en mulighet til å vise hva hun god for, og dermed klatre videre i oljeselskapet hun arbeider for. Oppdraget går imidlertid ikke etter planen. En natt blir skipet kapret av filippinske pirater som krever en enorm løsesum. Hvis de ikke får ti millioner dollar innen tre døgn, vil alle om bord bli drept - inkludert Caroline.

Den filippinske piraten er den andre boken om Caroline Kayser - en intens og velskrevet thriller om pirater, korrupte private sikkerhetsfirmaer og de politiske interessene bak dem.